爾時，元始天尊在玄都大治元陽上觀七寶華林紫瓊宮內，太上道君與十方聖眾、諸天真仙、三界帝王、一切天神龍鬼應受度者，無鞅之眾，登真一位，得無為心，同會其所。玄都宮觀皆以金銀、瑠璃、珊瑚、琥珀、真珠、碧玉種種裝飾，光明赫弈，暎照內外。列座眾真，不能名目；自然祥瑞，表見尊前。天雨寶花，散滿於地；靈鈞雅樂，不鼓自鳴。百和神香，芬馥流縊。爾時，四座咸起驚疑，默念思惟，莫能先問。
天尊撫几，杜彼機緣，入慧觀門，示無為道，思念萬兆稟受之初，乃發鴻音，告四眾曰：汝等男女，本地身心，悉皆清靜，實相不動，始終恒一，猶如虛空，來去無礙，離於受染，絕諸愛想，正性湛然，本無生滅。但以顛倒，隨業受形，譬如明珠，恒埋糞壤，歷劫隱蔽，不睹其光。汝等男女，將來眾生，執虛假身，迷真實道，造顛倒業，積邪偽塵，埋智慧珠，聚愚癡垢，墮生死海，溺貪愛流，居五欲場，處四魔境，有惑煩惱，結縛身心，隨業轉輪，三塗五道，廕蓋正性，沉沒玄珠，翳本光明，亦復如是，輪迴生死，無解脫期。是故我今開發妙門，令汝得悟。汝等四眾，以本分力，汲道性水，採無為香，調智慧湯，居清淨室，為諸眾生除根葉穢，洗虛妄塵，令入慧門，觀於實相。煩惱漏累，畢竟消除。洞照一乘，深明二際。還源反本，復我清虛。得道自然，永無流轉。爾時，大眾聞是說已，敬奉思惟，心開意解，歡喜踊躍，稽首道前，長跪頌曰：
元始無上大慈尊，善說眾生邪倒業。諸法妙本常清諍，動則沉淪經萬劫。
妄想既植貪癡根，隨根即生煩惱葉。花葉繁滋彌世界，善惡輸迴互重疊。
狂迷競貪邪偽果，子果不絕但相接。煩惱垢重覆明珠，身心臭穢乖清淨。
示我汲引道性水，洗滌千邪歸一正。平等清淨智慧湯，盪除癡垢開真性。
有緣速入正觀室，無為香水澄如鏡。能照去來邪倒業，洗滌貪嗔師戒定。
心垢惱病豁已除，各復真根歸慧命。慈尊所說叵思議，我等稽首咸恭敬。
爾時，會中有一真人，名曰法解，即從座起，整頓衣巾，手執香鑪，從容雅步，怡神息慮，攝念安心，長跪道前，白天尊曰：臣等有幸，得預斯會。侍座以來，未聞此說。四眾心識，猶自蒙昧。特乞神尊，賜垂訓諭。唯願哀原，愍所不逮。
於是，天尊撫几微笑，答法解曰：善哉男子，汝能於此法會為决疑悟，末世眾生，真所荷賴。於汝功德，更復增高。有所不了，恣汝等問，勿懷疑惑，封執之心。法解承恩，稽首問曰：眾兆愚癡，隨業生滅，垢穢深重，迷惑纏身。今調法湯，建清淨室，洗滌罪根，消除體穢。未審儀軌，其事云何？
天尊答曰：善男子，汝等常用月十直日，以上善水，調法香湯，於净室中，正念安坐，先觀身心，垢穢聚積，無量迷惑，共成此身。外內貪癡，麤細不淨，生老無常，眾苦結縛。三業障道，六塵覆心，如彌天雲，翳明盛日。作是念已，以法香湯，先從皮膚，四支五體，六根九竅，次第灌洗，悉令清淨。外清淨已，復以靜觀，薰修心惑，一切煩惱，妄想執計，貪嗔癡垢，普令清靜。內外既淨，住法身心，常居道場，斷邪偽垢，是名法湯滌除之要。眾真聞說，咸皆讚歎，彈指懺悔，同聲稱善。
爾時，真人以宿命通，得他心智，照知末劫有等眾生，心識闇昧，於法未了。是故乘機稽首進問：不審今會演說是經，以何名曰修持供養功德，云何假有之身既蒙開度，真無之識亦獲福乎？臣等膚愚，忝居真位，於斯義趣猶自未通。唯願神尊特垂開示，降甘露雨，遍灑人天；垂智慧雲，廣覆無外。
爾時，天尊歡喜答曰：異哉，真子得宿命通，了他心智，悟一乘道，達三世機，能為將來致殷勤請。我今具說，汝當諦聽。眾生性相，皆悉是空，暫寄有形，終歸壞滅。不住三世，豈繫一身？能體有空，自當無假。有空無假，何藉資憑？真了當知假有之身，必須修習。在生如是，處死亦然。凡人壽終，識居中廕，善業資助，必獲上生。是其家人，及諸同學，當為作福，種種裝嚴，建大寶壇，懸諸幡蓋，修齋願念，講誦是經，燒香然燈，照燭幽夜，拔其苦爽，令睹光明；無為法湯，滌除紛穢；神識絕淨，乃得昇天，反彼清虛，歸自然域。是經功德，不可格量，猶如虛空，難以量度。若有抄寫，供養受持，此人即得妙本澄清，身心潔白，獲報無量，等彼微塵。故名《玄都妙本清淨身心》。汝輩四眾、善男女等，當知此經，濟度法中最為第一，禳灾法中最為第一，修習法中最為第一，無為法中最為第一，智慧法中最為第一，觀行法中最為第一。此經微妙，不可思議，於餘法中無不第一。我昔過去，與諸天尊之所奉行，而得成道。汝宜寶祕，慎勿輕傳。若得其人，當須授受，燒香誓願，頂戴奉持。十方天尊，必記汝等。於是青華童子、丹元真人、素光玉女、玄宮使者、黃中大神，率其官屬三十六人，備衛靈文，保護於汝。汝能於此靜心習誦，存念形神，日夜精思，不辭勞倦，即得三宮明淨，六識清虛，十轉業成，五神依止，無為大道，發爾身心，一切羣魔，自然消伏。作是說已，是諸男女，並皆歡喜。
天尊俄然瞑目高抗，四眾瞻仰，無敢諮詢，叉手道前，而作頌曰：
妙本常清淨，身心無垢膩。眾生習業人，迷惑懷疑貳。是故感慈尊，為明權實義。一相度黎元，真為平等語。垢穢既以除，煩惱自然離。負荷匠成德，飛步玄都治。
爾時，眾聖說此頌已，於是天尊怡然含笑，即吐五色微妙神光，徹照諸天福堂及九幽長夜地獄，四座男女乘此神光，悉睹諸天諸地罪福報對，如觀指掌，了了分明，咸皆一心歸命，懺謝宿根業累、即世深殃，願拔眾生離諸苦惱。天尊慈愍，感彼眾心，乃振威神，彈指叩齒，應時地獄悉得閑寧，餓鬼囚徒俱昇道境。寶光收照，法界猶明。林木山川，緬然平等。祥風鼓吹，慧日流光。預法會中，並加真位。十方眾聖、三界人天種種羣生，皆蒙利益，稽首作禮，依教奉行。
太上玄都妙本清靜身心經終